Le centre d'archives Boudin-Willems a été créé en 2019 par l'EPUB (Église Protestante Unie de Belgique). Il comprend essentiellement les archives des églises protestantes réformées qui sont à l'origine de la formation de l'EPUB en 1978 : Église Protestante de Belgique, Église Réformée de Belgique, Gereformeerde Kerken in België, Conférence Méthodiste en Belgique, Église SILO. Mais aussi des archives de nombreuses paroisses et de certaines associations d'inspiration protestante. 

En décembre 2020, les quelques 230 mètres constituant les fonds existants ont brutalement doublé suite à l'apport des archives conservées jusque-là par Prodoc. Prodoc est une association créée vers 1985 par les pasteurs Hugh Boudin et Willy Willems, historiens passionnés et grands artisans de la protection du patrimoine archivistique protestant. En une trentaine d'années, ils avaient réussit à sauver de la destruction une série de fonds qui complètent admirablement ceux conservés par l'EPUB. On y trouve de petites merveilles comme une collection de journaux protestants remontant à 1850, les archives d'associations comme l'Alliance Nationale des Unions Chrétiennes de Jeunes Gens ou la Société pour l'affranchissement des Blanches, organisation qui a lutté dans les années 1880 contre la prostitution. 
Désormais, les chercheurs trouvent au siège de l'EPUB, rue Brogniez à Bruxelles, des ressources uniques pour l'histoire religieuse, sociale et intellectuelle de Belgique.