La Fédération des Églises Protestantes de Belgique fut nommée en 1923 "dans le but d'assurer une coopération fraternelle et harmonieuse des forces protestantes de Belgique dans toutes les questions d'intérêt commun". Créée par l'Église Chrétienne Missionnaire Belge et l'Union des Églises Protestantes Évangélique de Belgique, la Fédération s'ouvrit en 1931-1932 à l'Église libérale et à l'Église méthodiste puis vers 1952 aux Gereformeerde Kerken et à l'Église Baptiste. 
Dans l'entre-deux-guerres, le champ d'activité de la Fédération fut limité à des conversations sur quelques sujets communs : organisation des cours de religion dans les écoles publiques, démarrage des émissions radio cultuelles, coordination des activités des écoles du dimanche, prises de position vis-à-vis de la montée du nazisme ou d ela guerre sino-japonaise, soutien des Églises belges à des mouvements oecuméniques internationaux. À partir de 1949, son travail est organisé autour de commissions de travail créées successivement : radio (1949), jeunesse (1949), écoles du dimanche (1950), entraide aux églises et service des réfugiés (1952), médico-sociale ( vers 1954), évangélisation (1954), missionnaire (1954), affaires nationales et internationales (1955), travailleurs migrants et service social des étrangers (vers 1965), relations entre le judaïsme et le christianisme (vers 1968), Église et coopération au développement (vers 1970)...
La collaboration entre Églises au sein de la Fédération, sa représentativité et son rôle comme agent d'initiatives communes ne furent pas toujours parfaits mais osn travail ouvrit la voie à l'union progressive des Églises réformées au sein de l'EPUB et même, d'une certaine manière, à la création du CACPE en 2003.